Centrom rukovodi predstojnik Centra.
Predstojnika imenuje Senat na prijedlog rektora Sveučilišta.
Mandat predstojnika traje tri godine.
Predstojnik Centra za studije mira i konflikata je izv. prof. dr. sc. Marko Kovačić, imenovan na sjednici Senata 18. veljače 2025. godine.